Al Real Madrid non lasciò il segno nella stagione e mezza che lo vide protagonista al ‘Santiago Bernabeu’, ma Carlos Secretario si tolse comunque la soddisfazione di vincere una Liga nella stagione 1996/1997, quando alla guida dei ‘Blancos’ c’era Fabio Capello.
Proprio il rapporto con il tecnico friulano non fu dei migliori: intervistato da ‘Tribuna Expresso’, l’ex difensore portoghese ha raccontato nei dettagli le difficoltà di comunicazione tra i due, sfociate in uno scarso impiego in campo.
Capello ha dichiarato che “Secretario si cagava sotto quando scendeva in campo al ‘Bernabeu'”, affermazione che non trova d’accordo il lusitano.
L’esperienza di Secretario al Real Madrid si concluse nel gennaio 1998 con la cessione al Porto, con cui nel 2004 riuscì a fregiarsi del titolo di campione d’Europa.
